Конечно, гниль надо удалить. Вопрос насколько прогнило бревно? Так соответственно и надо удалять подгнившую часть.Тут может быть придётся вырезать большой отрезок бревна и подгонять на замену кусок нового. Новое бревно для замены должно быть высушено, иначе потом даст усадки и появятся щели.Что даст силикон между внутренней кирпичной стеной и деревом? В доме повысится влажность, ведь Вы таким способом закроете выход воздуха из дома наружу через стены.И брёвна со стороны силикона,т.е. с обратной стороны не будут проветриваться, что опять же приведёт к их ускоренной порче.

У матери возникла похожая ситуация. Деревянный дом в Белоруссии. Приблизительно 1940 года. Строили всей деревней. Простоял на славу. Однако, последние два года стал "ехать" . Получилось так, что он стоит на пригорке, задняя часть дома стоит на камнях и досках. Часть досок / бревен стала подгнивать. Нужно в кратчайшие сроки что-то предпринять, иначе задняя часть дома рухнет и он сломается напополам. Я не лазила под дом, не могу сказать точно, насколько доски , да и вообще, сколько их, прогнило, но при ближайшем осмотре можно заметить, что доски гнилые. Живем рядом с лесопилкой, есть возможность найти бревна, но только не уверена, что замена старых на новые поможет и не нарушит конструкцию. Возможно надо меня весь "поддон"